脑卒中
目标：用干细胞来抵消中风造成的脑损伤，修复脑卒中受损区域的组织，并逆转中风导致的残疾。
功效：利用干细胞，可使脑部功能更年轻化。
干细胞输注人体后可分化形成新的神经细胞，为大脑提供全新细胞源，能有效改善脑衰老状况，尤其对老年性痴呆患者的记忆力、智力，有明显改善和恢复。
心脏病
1.修复受损的心脏组织
目标：利用干细胞修复心脏病发作时受损的心脏组织。
功效：干细胞具有心脏组织分化能力，可诱导、促进干细胞向心脏靶向归巢，将干细胞整合至损伤心肌，促进心脏前体细胞的分化，进而提高心脏自我修复潜力。
2.生长心血管
目标：血管新生——新生血管的生长。
功效：几种不同来源的包括牙髓干细胞在内的干细胞，已经被证明能刺激毛细血管的生长。
帕金森
目标：利用干细胞干预治疗和控制帕金森病的发展，提高患者的生活质量。
功效：干细胞移植被认为是十分有效的帕金森治疗方法。干细胞具有自我更新以及可分化成任何类型神经细胞的能力，如分化成为神经元和神经胶质细胞，具有挽救功能失调神经通路的能力。
随着临床治疗的进一步开展，帕金森的治疗将迎来新曙光。中国科学家近期在《STEM CELLS》杂志上揭示，干细胞移植有助于通过刺激室管膜下区（SVZ）干细胞产生更多的神经细胞，以达到治疗帕金森病的目的。
脊髓损伤
目标：使用干细胞治疗患有不同程度瘫痪患者的慢性脊髓损伤。
功效：干细胞在体内或体外特定的诱导条件下，可分化为骨、软骨、肌肉、肌腱、韧带、神经等多种组织细胞，作为种子细胞可用于组织器官的损伤修复。
2009年，巴西圣保罗大学医学院的科学家发表了一项涉及39名慢性脊髓损伤患者的研究。他们将干细胞输注至患者腿部的股动脉，随后研究人员表示该疗法是安全的，26名患者（66％）的刺激反应有所改善。
肌萎缩性脊髓侧索硬化症
目标：向脊髓输送干细胞测试其安全性。
功效：由密歇根大学的Eva Feldman领导，在埃默里大学进行的一项临床表明，到目前为止，已有三名患者进行了干细胞治疗，并未出现副作用。
多发性硬化症
目标：使用干细胞抑制，然后重设免疫系统，用于治疗多发性硬化症。
功效：通过临床案例表明，干细胞疗法对抑制常规治疗无效的侵袭性多发性硬化症患者有着持续的效果，并且还可以导致持续的临床改善，特别是对复发缓解型多发性硬化症患者。
白血病和其他血液疾病
目标：提高机体免疫力，增强抵抗疾病能力。
功效：干细胞的最初用途之一就是治疗血液和免疫紊乱，输注干细胞后，可以重新建立造血免疫系统，恢复正常免疫功能。如今，干细胞移植已成为这些病症中的一些标准治疗手段。
眼病
1.角膜疾病
目标：利用干细胞改善角膜病患者的视力。
功效：英国的一项研究得出了结论，移植角膜缘干细胞是“一种能够重建角膜表面并恢复患者视力”的安全有效的方法。
2.黄斑病症
目标：使用干细胞制造专门的细胞来帮助治疗Stargardt黄斑营养不良和干性黄斑变性。
功效：干细胞治疗黄斑病症的这项测试正处于初期阶段，目前已经报道2例患者的治疗结果，均未出现治疗副作用。
软骨修复
目标：利用干细胞制造新的软骨。
功效：骨关节一旦损伤则很难修复，将会导致不可逆性的关节退变和骨关节疾病形成。而利用干细胞则可修复关节损伤，改善功能。一些临床表示，已经使用干细胞嵌入凝胶或胶原蛋白片上，并将其放置在软骨损伤区域（例如膝盖或脚踝）。
糖尿病
目标：利用干细胞来战胜1型和Ⅱ型糖尿病。
功效：将提取的干细胞进行体外分离、纯化、扩增后，输注到糖尿病患者体内，干细胞就会像种子一样在胰腺组织微环境的诱导下分化增殖为胰岛细胞，替代受损的胰岛β细胞，分泌胰岛素，促进受损胰岛组织细胞的再生、修复，从而起到从根本上治疗糖尿病的作用。
卵巢早衰
目标：通过干细胞治疗以达到延缓甚至阻止卵巢的提前衰老，恢复女性生育功能。
功效：
●修复重建受损的卵巢细胞，促进血管生长
●构建卵巢微环境，刺激卵泡生长，促进排卵
●提高性激素水平，减少颗粒细胞凋亡
●恢复卵巢功能，缓解更年期症状
男性性功能障碍
目标：改善男性的性功能，提升性生活质量。
功效：
干细胞可以直接分化形成受损的海绵窦内皮细胞和平滑肌细胞及分泌多种生长因子（VEGF、IGF-1、BDNF等），促进组织修复，为损伤的轴突再生提供一个连接的桥梁，帮助再生的神经轴突顺利通过损伤部位。
国外《karger》期刊上发表了一篇关于MSCs治疗糖尿病导致的ED患者的研究试验，结果证明了干细胞治疗的耐受性、安全性和有效性。
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